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MySQLを扱う上でMySQL Workbenchという専用ツールを使います。
データベースアーキテクト、開発者、DBAのための統合ビジュアルツールです。
MySQL Workbench は、データモデリング、 SQL開発、およびサーバ構成、ユーザ管理などのための統合管理ツールを提供します。 またMySQL Workbench はWindows、Linux および Mac OS をサポートしています。まずは公式からダウンロードします。

http://www-jp.mysql.com/products/workbench/
現在のバージョンは(2011/4/10時点)5.2です。
早速インストールをして操作してみます。
右のSQL DevelopmentでSQL発行し、
中央のDateModelingで視覚的にDBのモデリングができます。
さっそくDBのモデリングを行っていきます。
Add Diagramで新規でまずはEER Diagramを開きます。
操作は左のツールと下にでるタブで操作します。





またこのツールでは、データベースの事をスキーマ
テーブル内のフィールドをColumnと呼んでいますので、
勘違いしないように気をつけましょう。